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绝大多数甲状腺癌的发生来自滤泡上皮，少数可以来自滤泡旁细胞，极少数来自甲状腺的间质。甲状腺除了有原发癌外，还有继发癌。
目前分类大致为：乳头状癌（隐癌、腺内型、腺外型）；滤泡状癌（包膜血管轻微或可疑浸润，包膜中度或明显浸润）；未分化癌（包括鳞癌）；髓样癌；恶性淋巴结节；其他原发肿瘤；转移癌。乳头状癌和滤泡状癌恶性程度最低，未分化癌属高度恶性，髓样癌的恶性程度介于两者之间。恶性淋巴结节原发于甲状腺并不多见，常常是全身性疾病的一部分。其他原发肿瘤及转移癌较罕见。
