砂仁味辛、性温，入脾、胃、肾经。具有化湿行气、温脾止泻、理气安胎的功能，可用于脘腹胀痛、泻泄、食欲不振、呕吐、胎动不安等。《本草纲目》谓砂仁“补肺醒脾，养胃益肾，理元气，通滞气，散寒饮胀痞，噎膈呕吐，止女子崩中，除咽喉口齿浮热，化铜铁骨哽”。
中医认为砂仁辛温化湿而不太燥，行气而不破气，调中而不伤中，是醒脾调胃的要药，对于脾胃气滞、脾胃虚寒而致的泄泻、冷痛等均有良效，并被用于中药方剂配伍和作为多种中药成药的原料，如湿阻中焦者，常与厚朴、陈皮相伍，如脾胃虚弱，常与党参、白术、茯苓相伍，如脾胃气滞，常与木香、枳实相伍，如香砂六君子丸、香砂养胃丸、香苏正胃丸、沉香化气丸、参芩白术散等。此外，孕妇妊娠后往往因气机不畅，引起胃气上逆、胸闷呕吐等导致胎动不安，由于砂仁善于理气，使之气机通畅，即能安胎，砂仁性温而味辛，凡阴虚火旺之人不宜多食。肺热咳嗽者勿食。
砂仁内含龙脑、乙酸龙脑、樟脑、柠檬烯等成分。现代药理研究发现，砂仁有抗溃疡、抑制胃酸、增进胃肠运动的作用。
砂仁香气浓郁，入食也堪称妙品。民间常用砂仁干果或子仁捣碎煲廋肉、炖鸡、蒸排骨、煮猪骨汤和蒸鱼肉，既能消食，又能增添菜肴的美味。春砂肉、春砂鸡、砂仁肚条、砂仁粳米粥、砂仁内金橘皮粥、砂仁鲫鱼汤等，也都是有名的药膳。用砂仁加工的春砂蜜、春砂糖、春砂醋等，独具风味，颇受欢迎。
砂仁单验方
脾胃虚寒泄泻：单取砂仁适量，研末吞服，每次2克，每日2次。
消化不良泄泻：砂仁、焦苍术各30克，炒车前子10克，共研为细末，蜂蜜为丸。每次6克，每日2次。
虚寒腹痛泄泻：胡椒5粒，砂仁4枚，加400毫升水，煎煮出味后，打入两枚鲜鸡蛋，煮熟趁热喝汤，食鸡蛋。
小儿食积泄泻：砂仁30克，鸡内金30克，麦芽30克，共为细末，面粉适量，共同混合成面块，烙成饼，每张含药3～6克，每日食1～2张。
