科学的发展除受到社会、政治、经济等外部环境因素影响外,其自身内部还存在着相对立的矛盾运动。这种矛盾是科学发展的内在根据,是科学发展的内在动力。科学理论和科学实验的矛盾是科学发展的内在动力,中医学理论体系在其发展过程中,随着社会实践特别是医疗实践的发展,《黄帝内经》所构建的理论体系有的已无法解释新的事实,出现了原有的科学理论与新的科学事实的矛盾?在社会需要的推动下,中医学理论体系内部不断地发生分化与综合,于是新的理论学派和新的分支学科应运而生。中医学理论体系就是在理论与实践、分化与综合、传统与创新的对立统一运动中,不断地向前发展着。
中医理论体系的发展,是随着中国社会文化科学技术的发展,通过历代医家和人民群众在长期与疾病斗争的实践中,运用相应历史时期的先进文化科学技术成就,不断地完善、提高而发展的。因此,中医学理论体系的发展反映了相应历史时期的文化科学技术水平。