在中医学理论发展的过程中，上自晋、唐、宋、金、元，下迄明清的许多医家，在《黄帝内经》、《伤寒杂病论}等经典著作的基础上，在各自的临床经验和理论研究中，均从不同角度发展了中医学理论体系。
魏晋隋唐时期：晋·王叔和著《脉经》，丰富了脉学的基本知识和理论。皇甫谧的《针灸甲乙经》是一部针灸学专著。隋·巢元方的《诸病源候论》是一部病因、病理和证候学专书。唐·孙思邈的《千金要方》《千金翼方》以及王焘的《外台秘要》等，集唐以前医学之大成，从理论到临床均有新的发展。
宋金元时期：自宋以后，迄至明清，许多医家在继承了前人已有成就的基础上，根据各自的实践经验，勇于创新，提出自己的独到见解，从而使中医学术有了新的突破和发展。各种专科和综合性论著，层出叠见。其中，金元四大家对中医学理论的发展作出了重要的贡献。刘完素（约1100年，卒年不详）以火热立论，力倡“六气皆从火化”，“五志过极皆能生火”，用药多用寒凉，火热在表，治以辛凉甘寒，火热在里，则用承气诸方，表里俱热，用防风通圣、凉膈以两解之，所以被称为“寒凉派”。刘氏之火热理论，促进了温病学说的发展，对温病学说的形成有深刻的影响。张从正（约1156——1228年）传河间之学，认为病由邪生，攻邪已病，主张“邪去则正安”，用汗、吐、下三法以攻邪，所以被称为“攻下派”。他不仅对疾病的机理进行了深入地探讨，而且扩大了汗、吐、下三法的应用范围，对中医治疗学的发展作出了重要贡献。李东垣（约1180--1251年）提出了“内伤脾胃，百病由生”的内伤学说，治疗重在升补脾阳，被称为“补土派”。朱丹溪（约1281—1358年、重视相火妄动，耗伤真阴，提出“阳常有余，阴常不足”之论，治病以滋阴．降火为主，因此被称为“养阴派”。金元四大家各具特色，各有创见，均从不同角度丰富和发展了中医学，促进了中医学理论和临床实践的发展。
明清时期：在中医学术发展史上，这一时期温补学派颇为盛行，其中薛立斋、孙一奎、赵献可、张景岳、李中梓等大抵俱重视脾肾，善于温补。温病学派的出现，标志着中医学术发展又取得了突出成就。吴又可创立了传染病病因学的“戾气学说”的新概念，提出了治疗传染病的较完整的学术见解，著成《温疫论》，为温病学说的形成奠定了基础。叶天士《温热论》，首创卫气营血辨证；吴鞠通《温病条辨》，创三焦辨证；薛生白《湿热病篇》，指出“湿热之病，不独与伤寒不同，且与温病大异”；王孟英《温热经纬》“以轩岐仲景之文为经，叶薛诸家之辨为纬”。这些温病学家大胆地突破了“温病不越伤寒”的传统观念，创立了以Ⅱ气营血、三焦为核心的一套比较完整的温病辨证论治的理论和方法，从而使温病学在证因脉治方面形成了完整的理论体系。温病学说和伤寒学说相辅相成，成为中医治疗外感热病的两大学说，在治疗急性热病方面作出了巨大的贡献。
中药学理论是与中医学理论相辅而行的，其肇始于《黄帝内经》，如五味人五脏，气味厚薄阴阳的不同作用，君臣佐使的配伍等。陶弘景又提出了相须、，相使、相畏、相恶、相反、相杀之说。张元素则发展了药物归经和升降浮沉的理论。中医临床治疗，以此作为指导用药的依据。
