南京中医药大学始建于1954年10月15日，初名江苏省中医进修学校，后经江苏省中医学校扩建为南京中医学院，1995年经国家教育部批准正式更名为南京中医药大学，发展至今已历经了半个世纪的岁月洗礼，是全国建校最早的高等中医药院校之一。
建校之初，南京中医药大学为落实毛泽东同志提出的“中医药学是一个伟大的宝库，应当努力挖掘加以提高”和当时国家的卫生工作方针，在浩如烟海的古籍中积极挖掘、整理和编写了新中国高等中医教育第一套教材和教学大纲，培养和输送了以董建华、程莘农为代表的第一批师资，接受并培养了第一批外国中医留学生，诞生了承淡安、叶橘泉等一批新中国中医药界最早的学部委员，为新中国现代中医高等教育模式的确立和推广做出了重要贡献，被誉为“高等中医教育的摇篮”。
南京中医药大学坐落在历史悠久、山清水秀、人文荟萃的古都南京，拥有汉中门和仙林两大校区。南京中医药大学现设有基础医学院、药学院、第一临床医学院、第二临床医学院、经贸管理学院、护理学院、外国语学院、信息技术学院、高等职业技术学院、心理系、人文社会科学部、成人教育学院和国际教育学院（港澳台培训中心）等12所直属学院（系）；有省级教学实验示范中心6个，其中4个为建设点；有江苏省中医院、江苏省第二中医院、南京市中医院等共18所附属医院，以及中西医结合临床医学院（南京市鼓楼医院、无锡市中西医结合医院）2所；有教学医院15所，教学及毕业实习基地100多个，形成了万人大学的规模。南京中医药大学拥有18个本科专业，涵盖医、管、理、工、经、文等多个学科门类，拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，22个博士点、29个硕士点，博士点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科，初步形成了以中医药为主体，中西医结合，多学科互为支撑、协调发展的办学格局，建成中医内科学、中医外科学等27门省级优秀课程，温病学、中医儿科学被列入国家精品课程，大批特色专业和品牌专业不断涌现，综合办学实力稳步发展。南京中医药大学拥有博士生导师自审权和主干学科专业的教授评审权；是国务院学位办、教育部、卫生部、国家中医药管理局授予的临床医学博士、硕士专业学位试点单位，具有在职人员申请硕士学位的授予权。2006年4月，南京中医药大学凭着鲜明的办学特色、雄厚的办学实力和突出的办学成就，在教育部本科教学工作水平评估中被评为优秀，实现了南京中医药大学本科教学水平一次真正意义上的国家级质量认证。
南京中医药大学科研实力雄厚，是江苏省海洋药物研究开发中心、江苏省植物药深加工工程研究中心、江苏省中药质量控制技术研究中心的挂靠单位，拥有3个国家级重点学科、省部级重点学科14个，国家科技部规范化中药药理实验室1个、国家中医药管理局三级实验室3个和江苏省重点实验室4个。近年来，科研成果硕果累累，一批科研成果分别荣获厅局级、国家级、省部级奖励。《南京中医药大学学报》是国际连续出版物、中国科技论文统计源刊、中国科技核心期刊、中国医学核心期刊、江苏省优秀期刊和江苏省一级期刊。南京中医药大学图书馆是中国中医药文献检索中心分中心。由南京中医药大学牵头编撰并担任总审定的《中华本草》，是对中医药几千年发展成就的系统总结，被李鹏同志誉为“当代《本草纲目》”。近年来，南京中医药大学大批科技成果转化为现实生产力，为国家和地方经济发展做出了重要贡献，受到前来南京中医药大学视察的党和国家以及有关部、省级领导人的充分肯定。
南京中医药大学治学严谨，学术氛围浓厚。半个世纪以来，名家云集、人才辈出，涌现了一批又一批蜚声海内外的专家、学者和教授，他们作为一代儒医大家和高等中医药教育专家，一代代名师薪火相传，名师云集蔚然成景。近年来，南京中医药大学先后有多名教师荣获“国家级教学名师”、“全国模范教师”、“全国先进工作者”、“全国师德先进个人”、“国家级突出贡献中青年专家”等多项国家级荣誉称号，多人被列为国家人事部“百千万人才工程”培养对象，45人先后享受政府特殊津贴，数十人被评为“江苏省名中医”、“江苏省中西医结合专家”、“江苏省有突出贡献中青年专家”等荣誉称号，百余人先后进入江苏省“333工程”和“青蓝工程”等人才培养梯队，为南京中医药大学名师园地再添新锦。
南京中医药大学学风浓郁，近三年毕业生大学英语四级考试通过率持续超过80%，六级考试通过率达到30%左右，医学类毕业综合测定（含毕业论文）成绩优良率超过80%，非医类学生毕业设计(论文)成绩优良率超过75%。在“挑战杯”、“创业计划大赛”等各类竞赛中屡获佳绩。就业形势稳步发展，大批毕业生已经成为国内外各级各类医疗机构、科研院所、医药院校、政府机构和著名企事业单位的中坚骨干。
南京中医药大学自建校之初就开展外国留学生教育，在校留学生数一直位居江苏省内各高校前列。1994年与澳大利亚墨尔本皇家理工大学合作开办中医学专业，首开我国与西方正规大学合作举办中医学学历教育之先河。目前南京中医药大学与世界五大洲90多个国家和地区有着广泛的交流，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系。南京中医药大学每年都有大批专家、学者应邀赴境外讲学、考察和进行科学研究，通过国际交流，弘扬中医药事业，扩大中医药在国际上的影响。美国唐氏工业基金会及香港朱敬文教育基金会在南京中医药大学设立了奖、助学金，资助中医药高等教育。香港念慈庵奖教金及美国施祖谷奖教金也先后在南京中医药大学建立。南京中医药大学同时也是世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心；是国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国中医师资进修教育基地、临床药理基地、中国中医文献检索中心分中心；是国家教育部确定的国家基础学科理科人才培养与科学研究基地、首批获准接受和培养留学生及台湾地区学生的中医药高等院校之一。
经过“十五”期间的建设与发展，南京中医药大学办学结构和办学规模取得了阶段性重大进展，办学活力显著增强，综合办学实力明显提升。面向“十一五”，南京中医药大学将继续传承并进一步升华五十年办学优良传统和作风，不断坚定既定办学定位与发展目标，大力实施创新创优战略、质量立校战略、科学主体战略、科技兴校战略、人才强校战略、国际合作战略及社会服务战略，进一步深化内涵建设，着力提升办学质量，通过办学规模、结构、质量、效益协调发展，努力使南京中医药大学成为具有研究教学型特质的“国际著名，国内一流”中医药大学，努力跻身全国具有特色的重点大学行列。
