《伤寒论》第七条：病有发热恶寒者，发于阳也，无热恶寒者，发于阴也。发于阳七日愈，发于阴六日愈。以阳数七，阴数六故也。这一点代有争议，思求经旨可也。
《素问·调经论》云：“夫邪之生也，或生于阴，或生于阳。其生于阳者，得之风雨寒暑；生于阴者，得之饮食居处，阴阳喜怒。”就是说邪气的产生不外两端。或者来源于天元，即五运六气所化之风寒暑湿燥火六淫，或者来源于坤元，如饮食、居处地域，以及明显不明显的，如天体运行、人气物气相染，自觉不自觉的七情变化。
生发于六淫之下的疾病大多发热恶寒，其疾病自愈日数以七日为纪；生发于饮食居处阴阳喜怒的疾病多无发热恶寒。因为饮食、居处地域、七情变化为病多幽显无常，出乎自然而无知无觉，其疾病自愈日数以六日为纪。风雨寒暑代六气言；饮食居处、阴阳喜怒则正言天地人物事之气（事之气如社会风气，风土人情，山川湖海、书刊影视、活人甚至死人死物如天体运行、物气相染，如理化检查报告等发出的，足以影响人之健康与疾病的气息或信息。它有时看不见摸不着，却是实实在在的客观存在），或明或暗地、由外及内地影响脏腑气机，使人产生幽显无常、或明或暗的生理病理的情绪等变化。《灵枢·贼风》云：“有其不离屏蔽，不出空穴之中，卒然病者……其无所遇邪气，又无怵惕之所志，卒然而病者，此亦有故邪留而未发，因而志有所恶，及有所幕，血气内乱，两气相抟。其所从来者微，视之不见，听而不闻，故似鬼神。”这更证明了仲景撰用素问、九卷等的真实性，所论疾病就是伤寒与卒病。由于文字传抄之误，伤寒卒病论变成了伤寒杂病论。
至于发于阳七日愈，发于阴六日愈，是因为七为少阳之数，六为少阴之数。按河洛理数，天一生水，地六成之；地二生火，天七成之。水为阴，火为阳。故阳数七阴数六。疾病发生六日以后，七日阳气来复，少阳相火以位，百官肃立，诸邪退避。故六气为病，如果其人宿无他病，大多七日而愈。而卒病六日尚在厥阴，厥阴包络肝脏乃代少阴心肾受邪者。厥阴风木司天，少阳相火在泉，邪气随肝气游移，而厥阴生少阴，主客相同，即厥阴司令的节段或时辰注定了少阴之气的来复，疾病有转出厥阴而向愈之机。
《素问·气交变大论》说：“阴阳往复，寒暑迎随，六经波荡，五气倾移，太过不及，专胜兼并。”就是说三阴三阳六元灵气交相往复，寒来暑往一波又一波经过六次鼓荡（初气始于大寒，二气始于春分，三气始于小满，四气始于大暑，五气始于秋分，终气始于小雪，仍终于大寒，主客相同，其差各三十度。）木、二火、土、金、水五运六气相互倾移，其太过则有专胜，不及则有兼并，人体六元五脏系统自然应之而有相应变化。一般平气之年变化较小，太过不及之日变化较大，人体得病亦重。我们只要通晓五运阴阳学说，就能够通过分析值年或者值日中运和司天在泉之气，大致判断疾病的间甚、欲解、死亡之期，借助自然之天功和药物、针灸等等，干预疾病的认知、诊疗、康复全过程，指导修身养性，防患于未然。
仲景六元辨证所以被后人误解为六经辨证，完全是因为许多人没有读懂内经、伤寒，尤其是没有注意五运阴阳学说，错误地认为气化（精气）、阴阳、五行、运气各有一个独立的学说。要知道，在《太始天元册》以前，一元论、二元论、三元论、四元论、五元论乃至九元论或许曾经出现过，但是我们从太始天元册中，和内经、仲景书中，只看到了融气化、阴阳五行、运气学说于一炉的五运阴阳学说。如果说张景岳《类经》阴阳、运气等分类让人们误以为中医别有精气学说、阴阳学说、五行学说、运气学说的话，那么我要说，内经有可能像《周易》一样来源于史前文化，不得但以文字考证而论者。人们舍内、易经而尊《洪范》，从伪古文中找出了所谓的阴阳学说、五行学说，从而使阴阳五行分崩离析，阴阳类同二元论，五行类同五元论、元素说，五脏六腑各分阴阳；五行只能联系脏不能联系腑；风寒暑湿燥火与三阴三阳的关系全不知晓；六淫等病因学说、八纲等似是而非的理论成了无上法宝；中医辨证不是辨病因而是辨症状反应，中医只辨证不辨病；仲景书不是论说伤寒……如此等等错误理论、错误认知不断发生，愈演愈烈。五运阴阳学说一日不明，这些问题一日不能解决。望后辈学者，医者，谨慎求证。
