随着教育规模的扩大和人们对中医需求的增加，中医优质医疗资源相对而言越来越紧缺，群众看病排长队、挂号难现象时有发生，同时也影响了中医院校学生临床实习实践。为适应这种需求，南京中医药大学积极改革校医院，在为教职工提供医疗服务的同时，面向社会，拓展服务，既为群众提供了高水平的中医诊疗服务，也成为学生身边的实践基地，探索出一条开办校医院的新模式。
依托学校优质师资资源，建立一支临床带教队伍。校医院以专家教授、主任医师为主体，外聘一定数量有教学经验和临床实践诊疗水平的人员为补充，兼专职相结合，由250人组成的临床教学师资队伍，其中有1/3为退休人员，他们定时定点轮流在校医院临床带教。30年来为临床带教博士硕士本科生5万多人次，提供诊疗800多万人次，小医院、大服务，充分发挥校医院的特色和优势，形成教学、医疗、科研三位一体新的校医院模式。
以优势建特色专科，既面向患者又面向教学。以临床为主体，以教学为主导，以强化临床实践为核心，充分发挥名师、名医、专科、专病特色优势。以病统论，以论统案，以案统治，强化学生临床实践能力培养，形成先继承后创新的校医院临床教学模式。30年实践证明，经过校医院临床教学实践，学生们中医基本功扎实、发展潜力较大，具有锐意创新的主观要求与客观能力，受到学生和用人单位的好评，社会就业率98%以上。
校医院在临床教学实践中，坚持以学生为中心，发扬学术民主。结合临床实际，采取问题式教学方法，让学生把学到的理论与实践结合讨论问题，提高了他们分析问题解决问题能力。在学习过程中，根据不同的教学内容，采用启发式、讨论式、研究式、对比式、立案式等方法，使学生在临床实践中不知不觉地掌握了课堂教学内容。针对学生们在学习过程中存在的学习障碍，如现代科学（包括现代医学）与传统医学形成的时代反差，现代科学知识环境和语言表达方式与古代科学知识表达方式差异，现代思维方式与传统医学思维方式差异等等，带教老师组织学生讨论，合理解释，提高了学生们对中医学的认知和理解，巩固了专业思想，培养他们热爱中医事业、热爱自己的专业。
发挥名医名师作用，培养优秀人才。充分利用学校为国医大师和名师名医在校医院设立的工作室和名医堂，如周仲瑛国医大师、杨进、王灿辉、汪授传等名师名医在校医院都有工作室。他们在看病的同时也带教学生，很多在他们身边学习的学生体会说，名师名医堂是学生求学的殿堂，是实践育人的课堂。知识服务于人民是我们精神财富。跟师学习找到精神家园，是我们今后走上工作岗位做人做事的行为榜样，对中医事业要热爱，对病人要有责任心，对人生要有平常心，才能登上中医药事业的高峰。
