开奠临床医学基础
对临床各科的论导
《伤寒论》的六经辨证、脏腑经络辨证及理法方药的规律，既适用于外感热病，也适用于内、外、妇、儿及男科等疾病。就其内容而论，包括了心肺，肝胆，脾胃，肾与膀胱，大、小肠、生殖系诸脏腑病症，故仲景的辨证论治学术思想指导着临床各科，至今仍行之有效。
内科杂病：《伤寒论》的辨证论治规律，对内科杂病有很多指导。在病因学方面，提出“千般疢难，不越三条”，即内因、外内、不内外因的“三因”为病的病因分类学说，提出了人体发病的三条途径。提出了很多内科杂病的常见病因，如痰饮、水气、瘀血、气滞、宿食以及劳倦内伤等致病因素。皆为内科杂病的审因辨证提供了依据。在病证学方面，阐述了外感热病的多种证候，各种疑难杂病的证候表现，如胸痹、中风历节、消渴、黄疸、痰饮咳嗽、肺痿、肺痈、喘证、心下病、呕吐、下利等等不多赘述；在论治学方面，《伤寒论》具有完整的六经辨证体系，而且对辨证论治原则和方法，皆有详细的阐述。论治疗方法，集中了汗、吐、下、温、清、补、和、消八法之大成。治疗之法，灵活多变，八法之用，或单行，或合用，变化多样。论治疗原则，有表里先后、标本缓急、扶正祛邪、正治反治、攻补兼施、寒热并用等法则。此外，突出强调在临床治疗运用之中，必尊“三因制宜”的指导原则。在方药学方面，《伤寒论》创立了诸多名方，广泛用于治疗内科杂病，屡用屡效。
妇科病：张仲景在妇人三篇中，精辟地阐述了妇科病的病因、病机，辨证论治，立法遣方以及其用药。将妇科疾病分为三大类：一为经带，二为胎产，三为杂病，均论明了辨证与论治，为妇科学术理论与临床实践，铺垫基础，开创先行。至今其“妇人三篇”仍有效地指导着临床上对妇科病的论治，所记载的妇科专方，沿用至今，其效不衰。从而显示“妇人三篇”的重大学术价值。
儿科病：有关儿科病之内容记载甚少，在《金匮要略》中见到“小儿疳虫蚀齿方”，其他恐虑已轶。临床实践中对小儿时令病及其杂病，常选用六经辨证、脏腑辨证为准则，酌取经方论治，效果良好，屡用皆爽。如小儿风寒外感，邪热壅肺作喘，小儿虚寒腹痛，小儿腹泻，以及小儿虫积等，均可辨证酌选经方论治。故以《伤寒论》为指导，在儿科病中取“经方今用”开辟论治新途径有着重要的意义。
外科病：《金匮要略》设有“疮痈肠痈浸淫病脉证并治”专篇论述痈肿、肠痈、金疮、浸淫疮等外科部分疾病，在外科领域里，《伤寒杂病论》的方药也为常用之剂，如三承气汤、大柴胡汤、大陷胸汤、大黄牡丹汤等用于急腹症，可取得满意的疗效。
再有对男科、喉科、眼科等有关病证的辨证方法及方药亦进行了相关的论述。
对急症学与传染病学的论导
《伤寒论》成书，实属疫情的需要，客观的必然，作者的勤奋。古人云：“百病之急，无急于伤寒”，可见这部巨著的产生是以治疗急症为主要目的。从所论内容与临床实践来看，是书可谓是我国现存最早论述急救医学的医著，它开创了中医急症辨证论治的先河，将急症分述为伤寒与杂病两大类型。《伤寒论》六经辨证规律，指出外感热病发病速、病程短、传变快、症状急、易传染的特点，说明六经病证中包含了多种传染性热病与各种急症，六经病治法中包含了多种治疗急症的原则与方药。从广义看不论伤寒或杂病，凡发病突然、症情急迫、急需救治的病证，皆属急症范畴。诸如上述，均为后世传染病与急症的治疗做出了极大的贡献，仲景实为中医急症学的奠基人。对现代中医急症学研究及临床运用产生了深远的影响。
对预防医学的论导
《伤寒论》之“未病”和“治未病”的学说，是中医学独特的预防医学理论。《伤寒论》一书在《黄帝内经》基础上引申发展了这一理论。将“上工治未病”列为全书之首要宗旨。因此“治未病”是仲景指导辨证论治的重要原则之一，意在对“未病”者须预防，以防为首要；对“已病”者必早治，以防病情变；“病愈”康复，预防再发。仲景论述“治未病”的规律与法则，实为精辟的预防医学理论。总之，仲景对预防医学的学术思想有重要的理论和实践意义，为研究现代预防医学启迪思路。
对免疫学的论导
《伤寒论》寓有丰富的现代免疫学内容与方法。从人体正气与免疫的关系来看，张仲景论述了人之正气具有抵抗病邪、使人体免受侵犯、保持健康的功能。如曰：“血弱气尽，腠理开，邪气因入。”说明机体的抗病能力与疾病发生发展的密切关系。可见张仲景所指人体正气与免疫学中的免疫力，均有保护机体、抵抗外邪的作用，故张仲景辨证论治十分重视正气的作用，而扶正祛邪是基本原则。故时时叮嘱“令胃气和则愈”，“阴阳自和，必自愈”等，均体现了“保胃气”增强正气抗邪愈病的能力。同时张仲景“治未病”的学术思想，与现代免疫学说有内在的联系，至今仍有很高的实用价值与研究意义。
对护理学的论导
《伤寒论》开创了“医护结合”的医疗方法。张仲景强调在治疗期间，必须重视护理，同时强调护理的整体性，从而形成“医护结合”的护理学及“辨证施护”的法则。其辨证施护的要素有三：其一，辨证施护的重点是：全面观察病情，及时掌握病势的转变，动态辨别疾病发展的特点；其二，辨证施护的原则是：医护结合，以防为先，注重疾病变化为宗旨；其三，辨证施护的方法是：药物煎服法，药后护理法，饮食调养法，服药宜忌法，观察药效法，疾病调息法，病后调摄法，以及内服药护理法，外用药护理法等。形成了以人为中心，注重“天人相应”、“脏腑相关”的中医整体护理学的学术思想，对后世护理学做出了重大的贡献。
《伤寒论》经过历代的发展，现在已不再是单纯的一部医书，若从它的内容与其在中医学中的地位、学术价值，以及历代医家研究者所取得的学术成就、现代对其研究的现状、成果来看，《伤寒论》在中医学中已形成一个独立的、完整的学科——“伤寒学”。
