唯物论只承认主观与客观二元对立的认识方式，不承认、不懂得天人合一、主客相融也是一条有无限前景的认识途径。中国传统科学（如中医学）、哲学、文化主要是建立在后者基础之上，因此，将唯物论绝对化成为正确理解、继承和发扬中国传统科学与文化的最大理论障碍。
中国哲学和中医学的道、气、阴阳所要揭示的，不是天地万物作为既成存在的空间性本原或结构，而是它们之所以产生并能神妙变化的根源和它们进行自分化、自组织的规律。因此，对道、气、阴阳的追踪，不是像唯物论那样去寻找事物最终和最稳定的物质基础和实体构成，而是为说明天地万物在时间流变中如何演化。
不须一一清察因果关系，却能把握全部因果关系，乃是中国哲学和中医学处置复杂性及无限性的大智慧。此名之曰“以简御繁”。庄子在《养生主》开篇说：“吾生也有涯，而知也无涯。以有涯随无涯，殆已。”“以有涯随无涯”走不通，绝不意味就此而取消对世界的认知，而是要找到借助有限却能够把握无限的途径。道家认为，这个途径就是“法自然”，或曰顺生赞化，从而巧妙地利用自然的智慧。中医的辨证论治正是“顺生赞化”在临床诊疗中的具体运用。
中医学从自然整体看世界、看生命，因而最有可能接通生命的本质。中医辨证论治有很多优越性。我们对中医学的继承与发展，充满信心。为此，必须首先从“唯物质”观念的束缚中解脱出来。
物质实体不是事物存在的唯一和最后的根据
由于多种原因，直到今天，中国大陆的许多学人仍然坚持把寻找一切事物存在和变化的物质实体根据，视为科学认识的唯一的和最终的目标。他们认为，科学研究的全部工作就是发现和说明事物的物质根源。
其实，这种观点在西方和科学前沿早已成为过去。这种观点的哲学基础就是唯物论。唯物论哲学源于西方，是西方众多哲学派别中的一种。这种哲学主张，世界上的一切存在和变化都不外是物质的运动和运动着的物质，只要把那个运动着的物质发掘出来，说明白，世间的一切疑难就都解决了。
百余年来，各类对中医持有异议的学人，包括上世纪众多知名国学大师，本世纪将中医打入“伪科学”的“反伪”斗士，以及积极支持中医，但主张以近现代物质科学“提高”中医，使中医所谓“科学化”的各级领导人、学科带头人，所有他们对中医的批评和希冀，不管自觉或不自觉，其理论的根基都出自唯物论的宇宙观和认识论。原因就在于他们都清楚准确地看到了：中医辨证论治没有说明发病和治愈的所谓物质实体根据。而对于他们说来，这是不行的！
那么唯物论是不是无所不包、无所不能、不可超越的哲学？是不是放之四海而皆准的真理？老实说，即使根据唯物论的现代认识论原理，回答亦应当是否定的。因为世界是无限的，认识没有止境，而唯物论不过是西方文明曾经流行过的宇宙观之一。各类现代科学所揭示的许多事实与结论，不断在向唯物论提出挑战，证明唯物论具有很大的片面性和局限性。
1．这种哲学有一定的合理性，但同时也有很大的偏执性、局限性。它与牛顿力学有较好的适应，与现代的物理学、生命科学、思维科学、心理学、信息学、各种系统和复杂性科学，则不适应或不完全适应。面对20世纪人类科学的最伟大发现，如量子力学、基因遗传学、控制论等，前苏联的众多官方哲学家和科学家，曾以其违背唯物论而一一加以反对、批判和讨伐，但后来又不得不一一点头承认和接纳。这一反复也深深波及我们。
2．世界万物的本原不能归结为“物质”。现代科学已经证明，物质与能量可以相互转化，物质是“封闭的能量”，能量可以生出物质。在物质和能量之外，信息不仅有独立存在的意义，而且对万物的生成与演化，尤其是反馈系统，具有不可缺少的特殊作用。一般认为，物质、能量、信息是构成世界的并列的三大要素。而进一步的分析表明，在这三大要素的背后，更深层的存在是关系。以上大体是以空间为本位看世界。
如果以时间为本位看世界，那么世界的本原是“气”。“气”，“细无内，大无外”，其呈现是“象”，显示的是万物的自然整体层面。气的实质是从无到有的生，是因生而形成的关系，它传递信息，妙化万物，与有形之物相互转化。
3．把“物质”定义为“标志客观实在的哲学范畴”不确切。唯物论属于还原论，它把一切还原到物质这个静态化、简单化了的“原点”上。“客观实在”可以包括现象、过程、关系、整体和所有历史上发生过的事件，等等，但这些不应属于“物质”概念。物质一定与实体相联系，形态结构不固定，但一定表现为某种形态的实体，否则就丧失了物质概念的本来意义。
因此，“物质”本身是具有还原性的概念。唯物论要求寻找一切事物的“物质根据”，以此为认识的最终目标，故唯物论的认识论属于还原论。还原论有积极意义，也有不可克服的局限。
4．唯物论追求客观知识，不承认知识的主观性和主体因素。这一点明显与相对论和量子力学相冲突，也与对心理、情感、美和许多复杂性、整体性事物的认识不符。
5．不理解随机性、偶然性、不确定性的真实意义。唯物论将偶然性限制为必然性的交叉，为必然性开路。这与微观世界、宇宙大爆炸理论、精神现象和众多非线形复杂性过程不符。
6．在价值观上，引导人们处处将物质利益置于首位。唯物论贬低或不承认精神追求对人类的至上意义，将人类征服和践踏自然视为天经地义。唯物论根本否认宗教在人类社会生活中的积极意义，鼓励和促使人们丧失一切敬畏之心。
7．唯物论只承认主观与客观二元对立的认识方式，不承认、不懂得天人合一、主客相融也是一条有无限前景的认识途径。中国传统科学（如中医学）、哲学、文化主要是建立在后者基础之上，因此，将唯物论绝对化成为正确理解、继承和发扬中国传统科学与文化的最大理论障碍。
在中医学问题上，尤其要划清整体论和还原论的界限，对二者的区别与联系要有清醒和全面的认识。
还原论的实质是用低级的运动和存在形式去解释高级的运动和存在形式，用简单的运动和存在形式说明复杂的运动和存在形式，用局部构成去理解和限定整体，不懂得整体大于或优于局部总和。认为将高级的复杂的存在物还原为低级的简单的存在物，找到事物最基本的组合单元，就是找到了事物的本质。
还原论对于揭示事物的运动规律在一定程度上有积极作用，但在还原过程中却将事物所在等级的特殊本质和复杂性舍弃了，破坏了。然而实际存在的情况是，由于一切高级的运动形态皆建立在低级运动形态基础之上，而越是高级的运动形态，最终使其形成的复杂关系越是不稳定；越是低级的运动形态，则越是与相对稳定的有形的物质存在，如分子、原子具有直接的密切的联系，因此，坚持以物质为宇宙万物的本原，认一切运动都不过是物质的属性和存在方式，就必定走分解、还原的道路，把高级的运动形态归结为低级的运动形态，把找到事物变化的物质实体根据，作为科学认识的最终目标。事实上，唯物论将无限变化、无限丰富的宇宙的实质归结为运动着的物质，就是一种还原论的宇宙观。
生命的本质存在于以信息调控为基础的自组织过程之中
生命是复杂系统的一个过程。越是复杂的系统，信息和功能在系统中的作用就越是重要，支撑系统的物质形体的稳定性，就越是要在运动和变化中，在有信息调控的自组织的过程中方得以实现。
可见，生命的本质存在于时间的运行之中，而不是存在于空间的构成之中。生命是一首歌，是一首乐曲，是一种有始有终的整体性行为。
因此，在生命系统中，虽然健康的物质形体是不可缺少的，但第一位的，起主导作用和决定作用的是由信息功能调控的自组织行为，而不是物质形体本身。物质形体只是生命活动的载体，在生命系统中，物质形体是被动的和被决定的，处于第二位的从属的地位。
毫无疑问，在生命系统中，信息、功能和形体相互影响，相互产生，缺一不可。物质形体健康与否，会对生命能否正常运行产生巨大影响，但是形体无论多么重要，都不能说明生命系统为什么能够“活”起来。而且，对形体的物质构成分析得越是精细，距离生命的本质就越是遥远。因为生命存在于复杂系统的整体运行之中，是复杂系统的一种特殊的“突现”。
中国哲学和中医学的道、气、阴阳所要揭示的，不是天地万物作为既成存在的空间性本原或结构，而是它们之所以产生并能神妙变化的根源和它们进行自分化、自组织的规律。因此，对道、气、阴阳的追踪，不是像唯物论那样去寻找事物最终和最稳定的物质基础和实体构成，而是为说明天地万物在时间流变中如何演化。
中医将人的生命系统划分为“精、气、神”三个方面。《淮南子》说：“形者，生之舍。”“气者，生之充。”“神者，生之制。”又说：“神贵于形也。”“以神为主者，形从而利；以形为制者，神从而害。”（《原道训》《诠言训》）大体说来，形为生命之承载，精为构成形体的基本物质；气为生命之基础，指的是生命功能和信息；神为中枢调控，包括自组织程序和主体意识。
中医学认为，形与神俱，神主形从，才可能健康长寿，故提出“太上养神，其次养形”，“粗守形，上守神”的主张。
中医学的理论基础是阴阳五行。阴阳五行的实质是昼夜四时。昼夜四时所演奏的则是天地宇宙的时间节律和自然生化。
可见，中医学正是从时间整体和自组织行为的角度来探察和体验人的生命。这就从根本上决定了，中医学对生命的理解，比之从“唯物质”观念出发，将生命视为“蛋白体的存在方式”、“细胞的联合体”、“遗传分子的自我复制”等说法，更全面、更接近生命的本质。而且，惟有走时间整体之路，才有可能深入、准确把握生命的规律。
辨证论治体现了生命规律和生命智慧
与唯物论直接相关，一些人还批评中医理论没有建立明晰的因果关系，因而宣判中医“不科学”，是“伪科学”。其实所谓建立明晰的因果关系，尤其对于复杂性系统，这种要求本身正是还原论的表现。
众所周知，中医诊治的关注点是“证”，“证”是人之生命系统异常的整体机能反应。而造成生命系统整体机能异常的因素是极多的，有精神原因和物质原因、功能原因和形体原因，有直接原因和间接原因、体内原因和体外原因、一般原因和个体原因，等等。生命系统自身的关系以及生命系统与生活环境所发生的关系极为复杂，具有非线性和无限性，所以辨清“证”之形成的所有因果链条是不可能的，对于中医也是不需要的。因为中医治病不是直接针对实在的病因，而是针对证候。中医的病因学说“审证求因”，其实质并非寻找实在病因，而是辨证的一种方法，是为了对证候进行更细致的分类，以求准确依证处方。
西医诊治的关注点是病原体和病灶。它们是有形的实物，被视为明晰的病理因果和西医诊治的科学依据。因此，对于西医重要的是：1、疾病确实是由某种病原体引发并形成病灶；2、诊断技术能够将其发现；3、治疗手段能够将其消除，同时又不会给患者生命带来危险。当此三个条件齐备，西医的治疗效果显著且快速，但会使患者全身受到某种程度的震荡，产生明显副作用。因为有形的病原体和病灶虽为清晰的病因病果，其在整个生命系统中所引发的有害的相互影响和因果关系链，却是深远的复杂的，而西医学对此缺乏深入了解和有效对策。而且，西医难于对付无明显病原体和病灶的病症。
中医所辨之“证”，作为人之生命系统遭到侵袭时的自然整体机能反应，其具体的因果关系虽然不清楚，但无论内外表里、有形无形、直接间接，所有相关因果联系却无一遗漏地全部涵盖其中，这是由生命机体自己做到的。因此，只要正确地把握了“证”，也就把握了一切相关的因果联系和人之生命系统的全部信息。辨证论治正是针对所有相关因果联系和生命信息加以整体性治疗，而不是专门针对哪一个病因病果进行处置，具有全面性、完整性的长处。其治疗不是直接对抗病因病果，而是在顺生赞化的过程中，协助生命系统整体的自我痊愈机能驱祛病邪。这一过程，既包括消除病原体和病灶，又包括适当纠正机体所有异常关系，而且两者能够相互促进，协调进行。
辨证论治还有很多别的优点，如比之依据形体检验进行诊治，可以相对做到早发现、早治疗。再有，就是有很强的应对新生不明疾病的能力。依据新生不明证候与经络藏象、气血津液之间的基本关系，比较容易摸索出相应有效的治疗方案。值得玩味的是，辨证论治的这些优点，恰恰得益于中医不建立明晰因果关系的作法。
在这里我们发现，不须一一清察因果关系，却能把握全部因果关系，乃是中国哲学和中医学处置复杂性及无限性的大智慧。此名之曰“以简御繁”。用《易传》的话，就是：“易简，而天下之理得矣。”庄子在《养生主》开篇说：“吾生也有涯，而知也无涯。以有涯随无涯，殆已。”“以有涯随无涯”走不通，绝不意味就此而取消对世界的认知，而是要找到借助有限却能够把握无限的途径。道家认为，这个途径就是“法自然”，或曰顺生赞化，从而巧妙地利用自然的智慧。中医的辨证论治正是“顺生赞化”在临床诊疗中的具体运用。
