气一元论与阴阳五行学说相比较，更具“本体论”性质，旨在说明天地万物的物质统一性，人之生死，全在乎气。阴阳五行学说更具方法论特征。
阴阳学说和五行学说相比较，阴阳学说旨在说明一切生命现象都包含着阴阳两个矛盾方面。就人体而言，“人生有形，不离阴阳”，“生之本，本于阴阳”，“阴阳者，一分为二也”，从而揭示了生命运动的动因、源泉和最一般最普遍的联系和形式。而五行学说则具体地说明了人体脏腑经络的结构关系及其调节方式，即人体整体动态平衡的特殊规律。所以，中医学言脏腑必及阴阳而寓五行，论脏腑的生克制化又必赅阴阳。健康的本质是机体内部，以及机体与外界环境的动态平衡，而平衡的破坏则导致疾病。调节阴阳，以求得机体整体平衡是中医治疗疾病的根本原则，所谓“治病必求其本”，“本者，本于阴阳也”。而五行相生相胜的多路调节则是调节阴阳的具体化。
阴阳言气的矛盾对立，五行说明气有生克，两者相互渗透，相互包涵，“举阴阳则赅五行，阴阳各具五行也；举五行即赅阴阳，五行各具阴阳也”。“五行，即阴阳之质；阴阳，即五行之气。气非质不立，质非气不行。行也者，所以引阴阳之气也”（《类经图翼·运气》）。气化流行，生生不息。气化是一个自然过程，气运动变化的根本原因，在于其自身内部的阴阳五行的矛盾运动。阴阳有动静，五行有生克，于是形成了气的运动变化。
总之，中医学按着气——阴阳——五行的逻辑结构，从气——阴阳——五行的矛盾运动，阐述了生命运动的基本规律，构筑了中医学的理论体系。
气一元论、阴阳学说和五行学说是中国古代朴素的自然观和方法论。中医学在哲学与自然科学尚未彻底分开的古代，把当时先进的气一元论、阴阳学说和五行学说与医学理论熔铸成一个不可分割的整体。’用哲学概念说明医学中的问题，同时又在医学理论的基础上，丰富和发展了哲学思想。哲学帮助了医学，，医学丰富了哲学，相辅相成，相得益彰。但是，在气一元论、阴阳学说和五行学说基础上的中医学理论也不可能从根本上超出朴素直观的水平。
因此，我们应当站在现代最先进的认识水平，从现代科学和哲学的最新成就中去寻找与中医学有联系的东西，从中发现可以使中医学迅速走向现代化的最适合的方法与工具，让中医学在现代开出更鲜艳的花朵，结出更丰硕的果实。
