在辨证论治中，必须掌握病与证的关系，既要辨病，又要辨证，而辨证更重于辨病。证是疾病不同阶段、不同病理变化的反映。因此，在疾病发展过程中，可出现不同的证候，要根据不同证候进行治疗。如温病的卫分证、气分证、营分证、血分证，就是温病过程中四个不同阶段的病理反映，应分别治以解表、清气、清营、凉血等法。同病可以异证，异病又可以同证。
如同为黄疸病，有的表现为湿热证，治当清热利湿；有的表现为寒湿证，又宜温化寒湿，这就是所谓同病异治。再如，不同的疾病，在其发展过程中，由于出现了性质相同的证，因而可采用同一方法治疗，这就是异病同治。如，久痢、脱肛、子宫下垂等，是不同的病，但如果均表现为中气下陷证，就都可以用升提中气的方法治疗。由此可见，中医治病主要的不是着眼于“病”的异同，而是着眼于“证”的区别。相同的证，用基本相同的治法；不同的证，用基本不同的治法。
即所谓“证同治亦同，证异治亦异”。这种针对疾病发展过程中不同质的矛盾用不同方法去解决的原则，就是辨证论治的精神实质。中国古代的科学思维主要是直观综合的思维方式。观察是中国传统思维的起点，由现象以辨物是其重要观察方式。而这种现象是建立在感觉器官基础之上的观察。事物的现象是宏观与微观的统一，随着科学技术的进步，人们的观察已从宏观世界进入到微观世界，既立足于感官的观察，又借助于科学仪器，延伸感官的直觉观察，以弥补其不足。中医学在辨证过程中所取得的四诊资料，是靠感官直接观察而获得的，人们感觉器官直接观察的局限性决定了望、闻、问、切四诊资料的局限性。因此，辨证既要基于感官直接观察，从宏观、整体上把握疾病的现象，又要不囿于感官的直接观察，而应用各种科学方法和手段去获取感官直接观察难以取得的资料，使观察更科学、更全面，把辨证的水平提高到一个新的高度，这也是中医学现代化的一项重要任务。
