肺痨的致病因素主要有两个方面，一为感染痨虫，一为正气虚弱。《古今医统·痨瘵门》即曾指出“凡此诸虫，……著于怯弱之人，……日久遂成痨瘵之证。”痨虫和正气虚弱两种病因，可以相互为因。痨虫传染是发病不可缺少的外因，正虚是发病的基础，是痨虫入侵和引起发病的主要内因。
1、感染痨虫早在晋代，葛洪在《肘后备急方》中已认识到本病属于慢性传染性消耗性疾病，提到此病“积年累月，渐就顿滞，乃至于死”，而且其传染性很强，甚至可以“灭门”。古人根据本病具有传染的情况，创立了“痨虫”、“瘵虫”之说，如《三因极一病证方论，痨瘵诸证》指出：“诸证虽曰不同，其根多有虫。”明确指出瘵虫传染是形成本病不可缺少的因素，因直接接触本病患者，如问病吊丧，看护，骨肉亲属与患者朝夕相处，“痨虫”侵人人体而成病，这种认识直到1882年发现结核杆菌才被证实。
2、正气虚弱肺痨可发生于各种年龄、体质、经济状况的人。一般说来，往往在正气虚弱时罹患肺痨，凡先天禀赋不强，小儿喂养不当；或病后失养，如麻疹、哮喘等病后或外感咳嗽经久不愈，以及产后失于调养等，皆易致痨虫入侵。故《外台秘要·灸骨蒸法图》说：“婴孺之流，传注更苦”。后天摄身不慎，青年早婚，嗜欲无节，耗伤精血；或情志不遂，忧思过度，或劳倦伤脾，而导致正气虚弱，痨虫入侵而发病。正如《古今医统，痨瘵门》说：“凡人平素保养元气，爱惜精血，瘵不可得而传，惟夫纵欲多淫，苦不自觉，精血内耗，邪气外乘”，并提出气虚血痿，痨瘵“皆能乘虚而染触”。年老体弱，生活贫困，营养不良，也是罹病的重要原因，如《理虚元鉴，虚症有六因》即曾指出“因境遇者，……贫贱而窘迫难堪”，易致痨虫侵袭。
痨虫感染和正气虚弱两种病因，可以互为因果。痨虫是发病的原因，正虚是发病的基础。正气旺盛，即使感染痨虫后，也未必发病，正气不足，则感染后易于发病。同时，病情的轻重与内在正气的强弱也有重要关系。另一方面，痨虫感染是发病的必备条件，痨虫既是耗伤人体气血的直接原因，同时又是决定发病后病变发展规律、区别于它病的特殊因素。
本病的发病部位，主要在肺。由于肺开窍于鼻，职司呼吸，痨虫自鼻吸入，直趋于肺而蚀肺，故临床多见肺失宜肃之症，如干咳、咽燥、咯血，甚至喉疮声嘶等。由于脏腑间具有相互资生，互相制约的密切关系，因此肺病日久可以进一步影响到其他脏腑，故有“其邪辗转，乘于五脏”之说。其中与脾肾两脏的关系最为密切。
脾为肺之母，肺痨日久，子盗母气，则脾气亦虚，可伴见疲乏、食少、便溏等症，其甚者可致肺、脾、肾三脏同病。
肾为肺之子，肺虚肾失资生之源，或肾虚相火灼金，上耗母气，则可见肺肾两虚，伴见骨蒸、潮热、男子失精、女子月经不调等肾虚症状；若肺虚不能制肝，肾虚不能养肝，肝火偏旺，则见性情急躁，善怒，胁痛；肺肾阴虚，心火上炎还可伴有虚烦不寐，盗汗等症；如肺虚制节失司，血脉运行不畅，病及于心，可见喘、悸、肿、紫绀等症。
本病病理性质的重点，以阴虚火旺为主。因肺喜润恶燥，痨虫蚀肺，肺体受损，首耗肺阴，阴虚则火旺，而见阴虚肺燥之候。故朱丹溪概括痨瘵的病理为“主乎阴虚”。由于阴阳互根，阴虚则火旺，可发展为气阴两虚，甚则阴损及阳。病理的转变，与病情的轻重及病程有关。一般说来，初起病变在肺，肺体受损，肺阴亏耗，肺失滋润，表现为肺阴亏损之候。
继则肺肾同病，兼及心肝，而致阴虚火旺，或因肺脾同病，阴伤及气而致气阴两虚，后期肺脾肾三脏交亏，阴损及阳，可趋于阴阳两虚的严重局面。
