1、自粉病 为害植株地上部分较成熟的部位先发病，初期在叶片表面出现白粉状斑点，以后逐渐扩大，互相融合，在茎、叶表面形成一层厚厚的白粉，严重时叶片褪色，坏死枯萎。
防治方法：在发病初期，及时用15%粉锈宁可湿性粉剂1500～2000倍液、25%敌力脱乳油3000倍液、70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液加75%百菌清（或70%代森锌）可湿性粉剂1000倍液，每隔10～15天喷 1次，连喷2～3次。采用保护地栽培的茴香，亦可用5%百菌清（或5%加瑞农）粉尘剂在发病初期喷撒，每亩1千克。
2、根腐病 主要为害根部，造成死苗或烂根，严重时植株成片坏死对产量影响很大。发病初期根尖或幼根呈褐色水渍状，后变成黑褐色坏死斑病，逐渐发展使主根呈锈黄至锈褐色，腐烂，最后仅剩纤维状维管束。病株极易从土中拔起，潮湿时根茎表面会产生白色霉层，病株叶片由外向里逐渐变黄坏死，最后全株枯死。
防治方法：土壤处理，播种前或移栽前，每亩用50%多菌灵（或50%利克菌、70%土菌消等）可湿性粉剂2～3千克，拌细土50～60千克，沟施或穴施；药液灌根，用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、65%多果定可湿性粉剂1000倍液、25%敌力脱乳油1000倍液或45%特克多悬浮剂1000倍液，在定植时浇灌定植穴，或在发病初期灌根，每株（穴）灌药液0.25～0.5千克。
3、菌核病 主要为害茎、茎基及叶柄，被害植株外观呈凋萎状，病部呈褐色湿润状，后变软、腐烂，表面缠绕蛛丝状霉，后期病部表面及茎腔内产生黑褐色鼠粪状菌核。
防治方法：土壤处理，对不易轮作的病茬地，定植时每亩用40%五氯硝基苯0.4千克，加细土25千克制成毒土撒施；药剂防治，在发病初期，及时喷洒5帆速克灵可湿性粉剂1500～2000倍液、50%扑海因可湿性粉剂 1000倍液、50%农利灵可湿性粉剂1000倍液或40%菌核净可湿性粉剂500倍液。
4、灰霉病 主要为害叶片和叶柄，有时亦可为害球茎。多从衰老坏死或渍水的叶片或叶柄开始发病，引起枝叶坏死腐烂，在病部表面产生灰色霉层。球茎染病初呈水渍状灰绿色至灰褐色坏死，以后软化腐烂，在病部表面产生灰色霉层。
防治方法：在种植或定苗前，65%甲霉灵可湿性粉剂500倍液50%多霉灵可湿性粉剂600倍液45%特克多悬浮剂1000倍液50%农利灵可湿性粉剂400倍液对棚室土壤、墙壁、棚膜等喷雾，行表面灭菌。发病初期，用65%甲毒灵可湿性粉剂600倍液、50%多毒灵可湿性粉剂700倍液、45%特克多悬浮剂800倍液、50%敌菌灵可湿性粉剂500倍液或50%农利灵可湿性粉剂1000倍液喷雾。
5、病毒病 为害全株。病株叶月畸形皱缩，或扭曲纠结呈球状，或花叶斑驳状。早发病的植株矮缩，生长明显受抑制，不抽薹或结果少而小，迟感染的植株开花结实受影响。
防治方法：灭蚜防病，茴香病毒病通过蚜虫传播，发现蚜虫为害，及时用50%抗蚜威可湿性粉剂3000倍液、10%蚜虱净可湿性粉剂3000倍液、2.5%天王星乳油3000倍液、21%灭杀毙乳油300倍液或48%乐斯本乳油2000倍液喷杀。增产灵50～100毫克仟克及1%过磷酸钙溶液，可促进植株生长，增强耐病性。在发病初期，喷洒1.5%植病灵乳剂800～1000倍液、20%病毒A可湿性粉剂500倍液或高锰酸钾1000倍液，均有一定效果。
