1、缺乏重大的、突破性质的进展
自《脉经》起形成，后世的独诊寸口法的诊脉方法，而形成后世脉法。《脉经》以后，都足宗法《脉经》的，后人所做的只不过是一些对《脉经》的修修补补，在批判伪撰《脉诀》中，保卫《脉经》，普及脉法等工作而已。虽然各家都提出自己的一套，但大同小异，各有优缺点，原则上不出《脉经》的范围，尽管在医学上有金元时期的学术争鸣，明清时期的伤寒、温病学的发展，以及临床各科，各种新疾病新问题的接触和解决等重大发展，但脉学却不能与之相符，虽有进展，相形之下是明显见绌的。
2、脉诊形成单系列带来的流弊
《脉经》为突出脉诊，当然亦是为论述的方便，于是以脉为主体论述脉形与主病等。缘此以下，脉学书就都形成以脉为中心的系列，尤其是歌诀形式的书籍中更为明显。宋元以降，医学论著亦多单另论脉，出现了病证一个系列，脉象主病一个系列的状况。在临床实践上，只是将两者拼台而已，有矛盾时，亦是以舍脉从证，舍证从脉等等为课题做文章。这与《内经》、仲景将病脉证治结合在一起进行分析综合辨证，有方法原则上的不同，使脉诊趋于僵化。至明清时才有一些人意识到这个问题，强调通过综合脉证以辨病机，并做了新的探索，但不够自觉，没有从历史的、现实的角度深化的去认识这个问题。当然亦没有引起学术界更大的重视，只不过认为是他们的一些学术论述而已。
3、寸关尺分主脏腑问题莫衷一是
《脉经》提出左右手寸关尺分主脏腑问题，后人虽然多数人同意这个具有方向性的方法，但对具体内容提出多种修正方案，甚至于《褚氏遗书》还提出男女互倒的方法。一般的左手心、肝、肾；右手肺、脾、命的方法，尽管普及使用了，但六腑问题一直停留在学术争论的位置上，临床实践是不甚明确的。当然一直有相当的一部分人，根本不同意寸关尺分主脏腑的方法，这虽然是个学术上的争论研究问题，但它一直存在于后世脉法的实践历史过程中，无法统一认识，这不能不说是一个在一定程度上未能解决的实际问题。
4、被诊寸口击的局限性
独诊寸口法，方法简便，用之有效，这是主流，但它是否有局限性，亦是可商榷的问题。若干疾病，起码需要结合，配合其他位置的脉位，这无疑是有意义的。千百年来，中医一直遵循《内经》、仲景，津津乐道，惟恐继承学习之不足，但在脉诊上都冲不破独取寸口法的藩篱，这说明独取寸口法不但限制了现实工作，限制了发展，亦限制了继承。
5、出现了脉诊神秘化的一些问题
由于后世脉法的独取寸口的形式的特殊，成为中医不易被人理解的一个很突出的问题，为此引起了一些人对它的神秘感，于是就有人利用这种心理造作“太素脉”这类荒诞怪异的东西，这虽不是后世脉法本身的问题，却亦是由于本身的某些原因才被人所利用的。后世脉法沿着古代肘法末期，提出的独取寸口法，继续向前发展，完善了它做为惟一的方法，它有选择地继承了古代脉法有用的东西，并有所改造、改进，不断丰富脉诊的内容，为医学的实践和发展做出了贡献，成就是很明显的。但亦存在若干缺点和不足，后世脉学应当是今后脉学向前发展的基础和起点。
