中医理论素有“肾为人身之本”的说法，但该如何理解其内涵，没有一定之说。
两层内涵
首先，是因为肾主藏精、主生殖而被赋予的本原内涵。生殖关乎生命之繁衍，意义重大，在传统文化中被赋予了更多的抽象意义。男女两性交媾的生殖过程，常被用作比拟天地阴阳之交感合和。孕育新生，常被喻意“道”之生成万物，而具有本原意义。
在传统中医学理论体系中，肾主藏精，男女两性交合，精有规律泄于外，则能孕育生命，与生殖密切相关。《灵枢·顺气一日分为四时》云：“肾为牝藏，其色黑，其时冬，其日壬癸，其音羽，其味咸。”
“牝”在《老子》中常被借指为“道”，如《老子》第六章云：“谷神不死，是谓玄牝。玄牝之门，是谓天地根。”“玄牝”在理学思想盛行时，又被称为“太极之蒂，先天之柄，虚无之系，造化之源，混沌之根，太虚之谷”。
从这层意义上讲，肾因而具有了比其他脏腑更为重要的意义。换言之，从亲代和子代的关系来看，可以说，亲代之肾为子代生命之本原。
其次，肾既然可以孕育产生子代之生命，那么自然对于自身生命也很重要。这种重要性被进一步抽象和发展的结果就是，认为肾为自身生命之本原，亦即认为人之始生先结成两肾，后由肾而相继生成其他脏腑组织官窍、四肢百骸。这也就是我们常讲的“肾为先天之本”的内涵。
理论形成的诸多渊源
“肾为先天之本”说的完整表述，首先见于明代医家李中梓《医宗必读》中的“肾为先天本，脾为后天本论”，其文曰：“先天之本在肾，肾应北方之水，水为天一之源。……肾何以为先天之本？盖婴儿未成，先结胞胎，其象中空，一茎透起，形如莲蕊。一茎即脐带，连蕊即两肾也，而命寓焉。水生木而后肝成，木生火而后心成，火生土而后脾成，土生金而后肺成。五藏既成，六府随之，四肢乃具，百骸乃全。《仙经》曰：借问如何是玄牝？婴儿初生先两肾。未有此身，先有两肾。故肾为藏府之本，十二脉之根，呼吸之本，三焦之源，而人资之以为始者也，故曰先天之本在肾。”
文中讲婴儿未成，先结胞胎，由两肾通过脐带与母体相连，则生息不止，而后“水生木而后肝成，木生火而后心成，火生土而后脾成，土生金而后肺成。五藏既成，六府随之，四肢乃具，百骸乃全。”
在五行中，各行处于同等的位置，原本并不存在一行为其他四行之本原的情况。李中梓把水行作为其他四行之本原，这种思想的渊源便是传统文化对“水”之地位的提升。
例如，在《汉书·李寻传》中我们就已经看到了五行与数术星占时空观相结合，而称水为五行之本的论述，其云：“五行以水为本，其星玄武婺女，天地所纪，终始所生。”
明代医家绮石《理虚元鉴》中有与李中梓相类似的论述，文曰：“夫肾者，坎象，一阳陷于二阴之间。二阴者，真水也。一阳者，真火也。肾中真水，次第而上生肝木，肝木又上生心火。肾中真火，次第而上生脾土，脾土又上生肺金。故生人之本，从下而起，如羲皇之画卦然。盖肾之为脏，合水火二气，以为五脏六腑之根。”
这是以坎卦之象来阐明肾的本原意义，无非是说明肾之真水真火，亦即肾之阴阳，是一身阴阳之根本，肾水可生肝木，肝木又生心火，肾火可生脾土，脾土又生肺金，肾为五脏六腑之根本。
肾为先天之本的形成，在一定程度上受宋明理学重视太极思想的文化思潮影响，医家把肾比拟为太极生两仪之象，因而具有了先天本原之内涵。
例如，明代医家万全《万氏家传养生四要》中云：“夫五脏各一，肾独有两者，以造化自然之理也。盖太极生两仪，一阴一阳之谓也。草木初生，皆有两瓣，谓之曰拆，左曰阳，右曰阴。故人受形之初，便生两肾。东方曰青龙，南方曰朱雀，西方曰白虎，都是一体。北方曰玄武，乃有二体，乃龟蛇二体也。蛇属阳，龟属阴。子半以前属阴，龟之体也；子半以后属阳，蛇之体也。肾者，水脏，上应北方玄武之象，故有两枚也。”
从解剖学上讲，“五脏各一，肾独有两”的说法并不准确，肺亦左右各一。之所以要突出肾独有两，便是要比附于太极生两仪之象。
再如，清代医家陈修园《医学实在易》中云：“肾有二，先天之本也。……夫人之始结胚胎，犹太极耳。三月而成形，先生两肾，犹太极而生两仪。”
同时，肾为先天之本的进一步升华，也与命门的重要性被日渐凸显密切有关。命门理论也是中医学中所特有的，《黄帝内经》中便已经见到命门的称谓，但指的是“目”，后世医家却将其赋予了越来越多的抽象意义，成为了人体生命的本原所在。
无论是《难经》两肾左肾右命门说，还是明清在命门学说中占据主流的命门为肾间动气说，命门与肾在部位与功能上都密切相关。
受理学寻求宇宙本原的文化思潮影响，明代医家寻求人身之太极，比拟于宇宙之太极；之前的命门学说也因而被赋予了更加抽象的本原意义，我们可以明代命门学说代表医家赵献可《医贯》中的部分论述为例进行说明。
赵献可云：“夫人受天地之中以生，亦原具有太极之形。”“两肾俱属水，左为阴水，右为阳水。以右为命门非也，命门在两肾中。……两肾在人身中合成一太极。”
对于命门，赵献可又讲：“是为真君真主，乃一身之太极，无形可见。两肾之中，是其安宅也。”“命门在人身之中，对脐附脊骨。自上数下，则为十四椎。自下数上，则为七椎。《内经》曰：七节之旁，有小心，此处两肾所寄，左边一肾，属阴水，右边一肾，属阳水，各开一寸五分，中间是命门所居之宫。”很明显，肾借助理学思想与医学命门学说而获得了更大的本原意义。
